第二部与第一部的黑猫警长造型不同。第二部警长脸部全黑，身穿红色警服。他的手下们也由第一部的白色制服改成黄色制服。这一部里主要以科普知识为主，剧情方面有些低幼化，故事性不强，我觉得豆瓣的评分有点虚高。
分集剧情梗概和下载
第一集《谁毒害了大黄狗》
睡觉不脱衣服的黑猫警长接到电话，大黄狗前天在狐狸家赴宴之后便一睡不起。经审讯，狐狸坦白是收了老鼠的礼，请大黄狗吃饭劝他不要狗拿耗子多管闲事，但并未下毒。一切都逃不过黑猫警长敏锐的观察力，真相大白，是院里盛开的夹竹桃花粉飘到了饭菜里。
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第二集《夜半呼救声》
老狼到狐狸家赴宴聊天，不幸中毒发出呼救。接到电话的黑猫警长来调查，声称自己肠胃不好的狐狸为了自证清白，吃光了所有蛋糕，一点事没有。后来真相大白，是老狼花粉过敏。
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第三集《警长遭窃》
小白兔的玫瑰，熊大嫂的剪刀和山羊的铁钉都丢了，最后甚至黑猫警长的眼镜也一转身不见了。震怒的黑猫警长命令白鸽侦探将小偷捉拿归案，很快园丁鸟到案，它喜欢一切发光的东西。被批评教育后的园丁鸟表示要痛改前非，于是黑猫警长释放了他，但黑猫警长的眼镜依旧下落不明。
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第四集《紧急抢救》
白鸽侦探发现三只袋鼠拿着警长的眼镜，在识图将他们带回警局调查时被打成重伤，急需输血。黑猫警长呼吁动物们献血，但猴子医生说出了哺乳动物和鸟类血液的差别，不能混用，最后赶来的其他白鸽献了血。大袋鼠到案后，说出了眼镜是老鼠送的，大袋鼠因使用暴力妨碍公务而被处罚。
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第五集《抓不住的凶手》
狐狸爸爸在书房，大公鸡在家门口离奇遇害，连尸体都没了，空气中充满了硫磺的气味。海豚博士答疑是球状闪电造成了灾难，黑猫警长呼吁大家雷雨天气不要在户外活动，关好门窗。
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第六集《假戏真做》
黑猫警长在巡逻时发现了聚众赌博的大灰狼一等人，警长当众戳穿了大灰狼利用高科技作弊诈骗的手段，并捉拿了大灰狼。
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第七集《惨案发生以后》
黑猫警长在电视报道里了解到山羊一家惨遭不幸，赶往案发现场，在尸体解剖化验后，发现山羊胃内有大量未消化的紫云英，但紫云英本身没有毒性。海豚博士通过检测，发现紫云英里富含了过量的硒元素，导致了山羊一家中毒。黑猫警长通过这一线索，发现了当地的矿藏。
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第八集《森林饭店的灾难》
黑猫警长为新开张的森林饭店剪彩，不料大楼遭到白蚁的侵蚀，在穿山甲部队的协同帮助下，终于成功捉拿了白蚁皇后。
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第九集《失踪的纽扣》
警官学校储存了一批冬装，到了冬天所有衣服的纽扣都不见了，电脑博士解释锡纽扣在零下33摄氏度时会变成粉末。
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第十集《紧急行动》
狗熊因吸食过量毒品而死，在肥肥猪警官的帮助下，黑猫警长捣毁了大灰狼和狐狸组成的贩毒集团。
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第十一集《可怕的伐木声》
森林公民们晚上听到了伐木声，非常不安，黑猫警长晚上给森林装上了夜间摄像机，终于拍到了是琴鸟发出的声音。
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第十二集《外星人抢劫案》
一群外星人绑架了黑猫警长，抢劫了商店。在飞船上黑猫警长学会了开飞船，并通过录音机让外星人睡着了，之后黑猫警长抓获了外星人，并回到了地球。
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